【AI創薬入門】UCSF Chimeraによるタンパク質準備と品質評価の完全ガイド
１．はじめに：AI創薬における「質の高いデータ」の重要性 現代の創薬シーンにおいて、コンピュータを用いた「AI創薬」や「イン・シリコ（in silico）スクリーニング」は欠かせない存在となっています。膨大な化合物ライブ […]
UCSF Chimera
タンパク質やDNAなどの生体分子を3次元で表示し、詳細な構造解析を行うための強力なソフトウェアです。
主な特徴は以下の通りです：
構造の可視化: 分子構造を立体的に表示し、マウス操作で自由な角度から観察できます。
創薬の前処理: AI創薬における「ドッキングシミュレーション」の前に、不要な分子の除去や不足している原子の補完など、データを整える（Dock Prep）ツールとして広く使われています。
品質評価: ラマチャンドランプロットなどを用いて、タンパク質の構造が生物学的に妥当かを検証できます。
現在は後継版であるUCSF ChimeraXの開発が進んでおり、そちらへの移行が推奨されています。