AI創薬を加速させるPDBFixerの活用法：タンパク質構造の自動修復からシミュレーション準備まで
１．はじめに：なぜ創薬において「構造の修復」が必要なのか 現代の創薬研究、特にコンピュータを駆使したAI創薬において、タンパク質の立体構造データは欠かせない情報源です。私たちは通常、PDB（Protein Data Ba […]
PDBFixer
PDB（Protein Data Bank）ファイルに含まれるタンパク質構造の不備を自動で修正し、分子動力学シミュレーションやAI解析が可能な状態に整えるオープンソースツールです。OpenMMプロジェクトの一部として開発されています。
主な3つの機能
欠損パーツの補完: 実験で観測できなかった原子やアミノ酸（ループ構造）を自動で追加します。
水素原子の付加: pH条件に合わせて、適切な位置に水素原子を配置します。
環境の最適化: 不要な分子の除去や、シミュレーションに必要な水・イオンの追加を行います。
結論 不完全な実験データを「解析可能な完全なモデル」へと変換する、AI創薬の「データの外科手術」ツールといえます。