AI創薬時代の必須ツール！gmx_MMPBSAでタンパク質・化合物相互作用を可視化する
１．はじめに 現代の創薬プロセスにおいて、コンピューターを用いたシミュレーションは欠かせない存在となっています。その中でも、薬剤（配位子）が標的タンパク質（受容体）にどれだけ強く結びつくかを数値化する「結合自由エネルギー […]
分子動力学
コンピュータ上で行う、分子の動きの精密な再現
分子の「動き」を可視化：静止画では見えない、タンパク質や薬剤分子が時間とともに形を変え、結合するプロセスを動画のように観察できます。
ニュートンの法則を利用：各原子にかかる力を計算し、高校物理でも習う「運動方程式」を繰り返し解くことで、次の瞬間の位置を予測し続けます。
創薬の強力な武器：「薬がターゲットにどうはまり込むか」をナノ秒〜マイクロ秒単位でシミュレーションし、実験前に効果を予測します。
AI創薬を加速させる「PyTraj」活用術：分子動力学シミュレーション解析の基礎から応用まで
1. はじめに：なぜ今、分子の「動き」を解析する必要があるのか？ 現代の創薬研究において、コンピューター上で分子の挙動を再現する「分子動力学（MD）シミュレーション」は欠かせない技術となりました。従来の創薬では、タンパク
AI創薬を加速させる「MDTraj」活用術：タンパク質解析を高速化するPythonライブラリの基礎
1. はじめに：なぜ今、医療現場や創薬研究でMD解析が重要なのか 現代の創薬研究において、タンパク質の立体構造を知ることは欠かせません。しかし、結晶構造として得られる「静止画」だけでは、薬が実際にどのように結合し、タンパ
AI創薬を加速するMDAnalysis入門｜Pythonでタンパク質解析を自動化する方法
1. はじめに：なぜ今、MDAnalysisが注目されるのか 創薬研究の世界において、タンパク質の「形」を知ることは極めて重要です。しかし、タンパク質は静止した物体ではなく、生体内では絶えず形を変えながら機能しています。
AI創薬の最前線！OpenMMで加速する分子動力学シミュレーションの基礎と活用法
1. はじめに：なぜ今、医療研究にMDシミュレーションが必要なのか 現代の創薬研究において、コンピュータ上で分子の動きを再現する「分子動力学（MD：Molecular Dynamics）シミュレーション」は欠かせない技術
【医師・薬剤師向け】GROMACSで始める分子動力学シミュレーション：創薬の成功率を高める前処理の基本
１．はじめに 医療の現場では、タンパク質の構造異常が病気に直結することが知られています。近年、この複雑なタンパク質の動きをコンピューター上で再現する「分子動力学（MD）シミュレーション」が、治療薬の開発や病態解明において