GROMACS

GROMACS(GROningen MAchine for Chemical Simulations)
概要: 分子の動きをコンピューター上でシミュレートする「分子動力学(MD)法」を実行するための、世界で最も利用されているオープンソースソフトウェアの一つです。
主な用途: タンパク質や脂質などの生体高分子、およびそれらと薬物候補分子の相互作用(結合の安定性や構造変化)を解析するために用いられます。
特徴: 計算速度が非常に速く、Windows(WSL経由)やMac、Linuxなど多様な環境で動作し、創薬研究において不可欠なツールとなっています。

GROMACSによる分子動力学シミュレーションの概要と、創薬における5つの実践ステップ(システム準備、溶媒化、平衡化、本計算、解析と可視化)を解説したインフォグラフィック

【2026年最新】GROMACSによる創薬シミュレーション入門:医療関係者のための実践ガイド

1.はじめに:なぜ今、医療現場で「分子の動き」を知る必要があるのか 現代の創薬研究において、ターゲットとなるタンパク質と薬候補物質(リガンド)が「どのように結合し、どのように動くか」を理解することは、治療薬の有効性や安全 […]

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創薬シミュレーション成功の鍵となるGROMACS前処理の4つのステップを解説するインフォグラフィック。ステップ1の力場選択、ステップ2の水モデル配置、ステップ3のイオン添加と電荷中和、そしてpdb2gmxからgenionに至るコマンドフローが視覚的に説明されている。

【医師・薬剤師向け】GROMACSで始める分子動力学シミュレーション:創薬の成功率を高める前処理の基本

1.はじめに 医療の現場では、タンパク質の構造異常が病気に直結することが知られています。近年、この複雑なタンパク質の動きをコンピューター上で再現する「分子動力学(MD)シミュレーション」が、治療薬の開発や病態解明において

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GROMACSによる創薬シミュレーションの成功の鍵を握る5つの前処理ステップ(力場の選択、溶媒モデルの設定、イオンの添加と中和、コマンドの実行、エネルギー最小化)を示したインフォグラフィック

GROMACSで進める創薬研究|タンパク質シミュレーション前処理の完全ガイド

1.はじめに:なぜ医療・創薬に「前処理」が重要なのか 現代の創薬プロセスにおいて、コンピューター上でタンパク質の動きを再現する「分子動力学(MD)シミュレーション」は欠かせないツールとなっています。新薬候補化合物が標的タ

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GROMACSによる創薬分子シミュレーションの解説図。分子の動的視点、計算速度、力場の汎用性、および薬剤効果、副作用予測、AI融合などの貢献を説明するインフォグラフィック

GROMACSで変わる新薬開発|医療関係者のための分子動力学シミュレーション入門

1.はじめに:なぜ今、医療現場で「分子シミュレーション」が重要なのか 現代の医療において、私たちが手にする薬剤の多くは、コンピュータによる緻密な設計を経て誕生しています。その舞台裏で、世界中の研究者が信頼を寄せるツールが

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初心者向けGROMACS創薬シミュレーション環境構築ガイドのインフォグラフィック。Windows/WSL2、Mac/Homebrewでの構築方法と、PDBファイル変換から実行までのシミュレーション基本フローを視覚的に解説しています。

【初心者向け】GROMACSで始める創薬MDシミュレーション:Windows/Mac環境構築ガイド

1.なぜ今、医療現場で「MDシミュレーション」が必要なのか 現代の創薬研究や疾患メカニズムの解明において、コンピューター上で分子の動きを再現する「分子動力学(MD)シミュレーション」は欠かせない技術となりました。特にGR

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