AI創薬の現場で何が起きている？ChimeraXとAutoDock Vinaで視る「分子結合」の世界
１．はじめに：医療現場と「創薬の最前線」をつなぐ架け橋として 日々の診療や調剤業務に追われる医療従事者の皆様にとって、「新しい薬がどのように設計されているか」というプロセスは、興味深くも少し遠い世界に感じられるかもしれま […]
ChimeraX
ChimeraX（キメラエックス）は、UCSF（カリフォルニア大学サンフランシスコ校）が開発した高性能な三次元分子可視化ソフトウェアです。
これは、タンパク質や核酸などの生体高分子、および薬剤候補となる低分子化合物の構造を、コンピュータ上で美しく、かつ詳細に表示し、操作するためのツールです 。
主な役割
分子の可視化: 複雑な分子構造を、色分けされた棒モデル、リボンモデル、表面モデルなどで立体的に表現します。
構造前処理: ドッキングシミュレーション（薬とタンパク質の結合計算）を行う前に、タンパク質に水素原子を加えたり、電荷を割り当てたりといった計算に適した形に構造を整える作業（Dock Prep）を行います。AI創薬の現場では、計算結果を視覚的に解析したり、次の実験のための分子設計を行う際に不可欠な「目」と「手」の役割を担っています。