「プロテイン（タンパク質）」と「ゲノム（全遺伝情報）」を組み合わせた言葉で、ある生物や組織、細胞の中に存在する「タンパク質の全集合」を指します。
生命の実体: ゲノムが「生命の設計図」であるのに対し、プロテオームはその設計図をもとに作られ、実際に体内で機能している「装置の実体」です。
膨大な多様性: ヒトの遺伝子（ゲノム）は約2万個ですが、そこから作られるタンパク質は修飾や組み合わせによって8万種類以上のエントリーが存在する巨大な集合体となります。
動的な変化: ゲノムは一生ほぼ変化しませんが、プロテオームは病気の状態、時間、場所（組織）によって刻一刻と変化するのが特徴です。